2015年12月，云南省人民政府与北京航空航天大学签订战略合作协议，双方拟在人才培养、学科建设、国际交流、创新平台搭建和扶贫开发等方面达成合作。

2017年11月，云南省人民政府与北航签署北航入滇合作发展项目协议，明确双方共建“创新研究院”，重点打造科技创新平台，助推云南将优势资源转化为现实生产力，谱写跨越式发展新篇章。

2018年3月，北京航空航天大学云南创新研究院在云南省事业单位登记管理局正式注册成立。

2018年4月，云南省人民政府成立北航入滇省校合作领导小组，由云南省副省长董华和北航副校长、中科院院士房建成担任组长。负责审定云南省与北航省校合作过程中的重大事项，协调解决北航入滇发展中的重大问题，推进合作协议实施与项目建设。

2018年5月，北航云南创新研究院举行成立仪式，云南省副省长董华与北航副校长、中科院院士房建成共同为北航云南创新研究院揭牌。